Las  Plantas de Tratamiento Primarias de Efluentes instaladas en cada una de estas Divisiones,  cumplieron con los parámetros ambientales exigidos para la época; pero una vez que estos parámetros variaron cuando se modificaron las normativas ambientales, fue necesario instalar un Tratamiento de Efluentes Secundario de tipo biológico. La División Molinos I/E/E no tenía disposición de área libre para una instalación de este tipo, así que se llevó el efluente de salida de su primario, por tubería hasta los terrenos de la División Higiénicos, donde se instaló este Tratamiento Secundario uniendo  los efluentes provenientes de los Primarios de ambas Divisiones. 

Inicialmente se construyó una Laguna de Aireación Extendida,   a principio de los años ochenta, cumpliendo ampliamente con la Normativa Ambiental.

A principios de los noventa, cuando se amplió la capacidad de los Primarios, el Tratamiento Secundario, se modificó en su concepto, convirtiéndose la Laguna de Aireación Extendida, en una Laguna Facultativa, manteniéndose una alta calidad en el efluente final, el cual cumple a  cabalidad con las Normativas Ambientales Venezolanas que rigen la Cuenca del Lago de Valencia.